この神社の祭神は、この地に二臣を従え来国し、池や溝の整備、開発にあたってこの地で亡くなった第１１代垂仁天皇と第５皇子・五十日滞日子命（いかたらしひのみこと）です。
　五十君神社は、延喜式内社（えんぎしきないしゃ）であり、今から１，２００年余り前に建立されたこの地方でも長い歴史を持つ神社です。
　また、上杉謙信が祈願所として永禄６年１１月、社用人馬通行の朱印状を与え、翌７年６月３日祈願料として５７貫５百文を寄進したとされています。